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2020年5月16日 星期六

The pandemic has spawned a new way to study medical records (the Economist)





經濟學人:疫情造就了新的使用病歷資料方式

五月七日,在著名preprint論文發表平台~medRxiv上,發表了一篇論文,指出在英國的COVID-19病人,男性、老人、社會資源缺乏、未良好控制的糖尿病與氣喘、少數族裔等因素,是感染SARS-CoV-2之後,死亡的預測因子。

上述研究結果,其實並非特別新穎,但值得注意的,是該研究使用的材料與方法。根據論文主要作者Ben Coldacre指出,其研究團隊發展了一個軟體,能夠在「不擷取、複製電子病歷資料」的情況下,進行大量的資料分析。

該研究使用了1700萬英國病人看家庭醫師 (general practitioners, GPs) 時的電子病歷,並連結到5,683歸因於COVID的死因登記資料。英國是公醫制度,非急診病人,就診的第一關都是GPs,因此GPs的電子病歷資料非常詳細。

在過去,要將GPs的病歷資料,整理成能分析的電子資料庫,需要克服各種技術細節與倫理審查,其時間可能好幾個月,甚至超過一年。然後研究者取得資料後,又必須花幾個月的時間分析與撰寫論文

這次,受疫情趨使,Goldacre醫師,率領了流行病學家與資料科學家,創立了一個Opensafely Collective的研究團隊,他們從研究發想,分析資料,到產出論文,只花了42天。

這次能夠這麼快,有以下幾個因素。首先,是衛生主管機關的許可與法規鬆綁。但最重要的,是Opensafely Collective他們資料分析的方式,並非複製擷取資料之後再分析,而是透過特殊程式軟體,進到電子病歷系統中,做 ”in situ”的分析。並且,在分析過程,持續有log紀錄,研究者每一個動作,都會留下紀錄,這樣子大大地改善了過程中,這些機敏病歷資料的安全性。

“log was also kept of all queries that the group ran on the records—thus the watchers were themselves watched.”

所以連英國最激烈的醫療隱私保護團體~MedConfidential都表示支持,他們認為,”Opensafely was designed and built to promote both research and patient confidentiality at the same time, rather than suggesting they’re opposites”

個人閱讀經濟學人一段時間,很習慣其理性知性,卻又老愛帶點批評挑毛病的文章風格,但這篇實在是非常正面積極,例如文中引述Dr. Goldacre的話,”Britain remains ahead, it is the only country on the planet with the scale of data needed to deliver these analyses”,這非常值得玩味。

我身為長期台灣健保資料庫的使用研究者,將會再整理一篇個人的心得,比較現在台灣的衛生福利資料中心、英國的Opensafely、以及世界其他國家的類似大型電子病歷資料庫的異同。